二战结束后不久，弗朗茨·贝肯鲍尔生于慕尼黑市吉辛区的一个工人阶级家庭，是家中的次子，上面还有一个大4岁的哥哥。尽管身为邮政工人的父亲老弗朗茨对足球并不感兴趣，但弗朗茨从6岁开始就显露出对足球的喜爱，并且跟着哥哥瓦尔特在街头踢球。瓦尔特回忆道：“从性格上来讲，弗朗茨当时很文静，但他是个核心。没有人像他那样争强好胜，胸怀大志。输球对弗朗茨来说是莫大的耻辱。这种性格他从街头球队一直带到了国家队。”
扇动命运的一巴掌
弗朗茨在8岁时加入了离家只有几步之遥的SC 1906俱乐部，与哥哥并肩作战。后来，哥哥加入了拜仁慕尼黑青年队，但弗朗茨认为那是“背叛”，“他们来自施瓦宾，我们大部分人都不会去，而1860是吉辛的一部分。”尽管拜仁当时已经在吉辛的塞贝纳大街训练，但俱乐部总部仍设在市中心的索南大街。
成名之后，贝肯鲍尔也经常故地重游，回到小时候生活的街区。
弗朗茨13岁的时候，SC 1906俱乐部教练短缺，球员被迫转投其他俱乐部，“1860自然是我们的首选。转会前，我们在诺伊比贝尔格踢青年联赛，决赛正好遇上了1860。”那是1958年的U14锦标赛决赛，关系到城市冠军的归属。司职中锋的贝肯鲍尔打进一个点球，但他的球队以1比4落败。赛后，他懊恼地表示：“你们去吧，这个俱乐部我才不去。我去拜仁！”
贝肯鲍尔并不是因为惨败而“背叛”1860，“我踢中锋，在场上和1860的后卫撞在一起。正当我和对方球员理论时，又挨了一记耳光。这下可把我惹火了。”究竟是谁给了未来的“皇帝”一巴掌，他叫格哈德·柯尼希——柯尼希（König）在德语中是“国王”的意思。当时他是1860的替补门将，但由于球队人手不足，他临时客串后卫，负责盯防贝肯鲍尔，结果一次铲球出脚明显慢了。贝肯鲍尔对此非常生气，立即斥责柯尼希。“他用极其愚蠢的方式跟我说话。我看到裁判眼睛盯着其他地方，就给了他一巴掌。幸运的是，我逃脱了处罚。”柯尼希如今回忆道。
对于这个历史性错误，柯尼希如今可以一笑置之。在他看来，假如当初贝肯鲍尔按计划去了1860，“他也会成为一个超级球员，但他不会拥有这样的世界级职业生涯。在拜仁，他得到了施万和诺伊德克（注：时任经理和主席）的极大支持，这样说并非出于嫉妒。因此，‘国王’的巴掌并没有伤到‘皇帝’。”
弗朗茨·贝肯鲍尔与哥哥瓦尔特。
慕尼黑1860原本有机会弥补柯尼希造成的历史错误。1963年德甲联赛成立，1860力压拜仁获得了参赛资格。一年后，拜仁在德甲升级附加赛中失利，再度与德甲擦肩而过，1860才是慕尼黑城最好的俱乐部。贝肯鲍尔回忆道：“我那时每天在一个布商那儿工作半天，那个布商是1860的铁杆儿。就这样，1860俱乐部主席韦策尔或者主教练马克斯·默克尔几乎每天都到店里来，为的是说服我加入他们的俱乐部。”
1860为何挖角失败了？拜仁时任主帅查伊科夫斯基后来透露，是他“从中作梗”，“我们那会儿在绿森林大街体校备战，而那儿有位貌美如花的接待生。队里每个小伙子都认识并且喜欢她，不但是因为她漂亮，而且因为她是拜仁的忠实球迷。我也听说，队员里有一位最令这位姑娘中意。”显然，这个人就是贝肯鲍尔。“我开始安排他们约会，为的是用这个姑娘拴住他，使他无暇顾及转会。结果现在已众所周知：我们的计划成功了。这个年轻的姑娘就是布里吉特，弗朗茨的第一任妻子。”
18岁当爹的“问题少年”
布里吉特并不是贝肯鲍尔长子托马斯的母亲。早在18岁的时候，贝肯鲍尔就已经当上了父亲，而且他还没有迎娶儿子的母亲！拜仁青年队主帅鲁迪·魏斯写信向国家青年队主帅德特马·克拉默推荐贝肯鲍尔，而克拉默也打算征召这位拜仁天才参加集训。但贝肯鲍尔已经为人父的特殊身份，引起了轩然大波，足协内部有一帮负责道德和修养问题的专家极力反对。
贝肯鲍尔与第一任妻子布里吉特。
最终，克拉默在国家队时任主帅赫尔贝格的帮助下力排众议，如愿征召了贝肯鲍尔，但专家要求克拉默与贝肯鲍尔同住一个房间，“因为他们担心，如果让他一个人住，不知道还会出什么乱子。那时他们都告诉我，弗朗茨虽然球艺过人，但为人懒散，容易动心，特别是在生活上。”
尽管克拉默强调，与贝肯鲍尔接触一段时间后，“我发现他完全是另一种人：他有义务感，守纪律，自信。但他也需要敲打。”魏斯就曾在拜仁青年队敲打过贝肯鲍尔，把他下放到二队几个月，甚至在球队前往意大利进行夏季巡回赛时，把他留在了慕尼黑。魏斯不喜欢贝肯鲍尔一些不尊重队友的言行，“我很清楚他的毛病从何而来：弗朗茨无论在哪儿都是最好的球员，无形中就产生了优越感。”
1964年4月初，刚代表西德青年队参加完一项国际青年赛事回到慕尼黑，贝肯鲍尔就接到了俱乐部主席诺伊德克的电话，诺伊德克通知他升入一线队。在诺伊德克陪同下，贝肯鲍尔来到了查伊科夫斯基面前。在查伊科夫斯基的自述中，他描述自己曾努力“争取”过贝肯鲍尔一段时间。但“皇帝”的回忆截然不同，“主席介绍了我。然后查伊科夫斯基说：‘听说你不是个斗士。’”
查伊科夫斯基与年轻的贝肯鲍尔。
尽管初次见面并不愉快，但查伊科夫斯基日后总是处处维护贝肯鲍尔。贝肯鲍尔就说：“‘奇克’是我成为职业球员后的第一位教练，尽管有些人讥笑这个南斯拉夫小胖墩，但他使我受益一生。我要感谢他的太多了。”1964年6月6日，查伊科夫斯基让贝肯鲍尔在升级附加赛的第一场比赛，即客场对圣保利的比赛中上演处子秀。司职边锋的贝肯鲍尔打进了拜仁的第3球，帮助球队4比0大胜。几天后，在主场对柏林塔斯马尼亚的比赛中，贝肯鲍尔再度首发。中场休息后，他改踢进攻型中场，而自那之后就经常扮演这个角色。
由于意外地主场输给诺因基兴，拜仁的升级计划泡汤。贝肯鲍尔回忆道：“今天当我回顾这段历史，我倒觉得，我们没能在第一年就升上德甲并不是坏事。1964年的时候我们还颇为幼稚，需要一年的时间成熟。”正是在“留级”的这个赛季里，优雅的贝肯鲍尔牵线，高效的盖德·穆勒冲锋，两位19岁的天才横空出世。这支球员平均年龄仅为21.8岁的拜仁在联赛中狂入146球，然后在6场升级附加赛中再添18球，慕尼黑终于迎来了第2家德甲俱乐部！一直想要说服贝肯鲍尔加盟的1860主席韦策尔道贺：“慕尼黑这样的大城市可以容纳两支顶级联赛球队。我们祝愿拜仁大获成功！”
“自由人”与“皇帝”
承韦策尔贵言，拜仁一升上德甲就勇夺第3名，还捧走了德国杯，但1860恰恰也是在那个赛季赢得了队史唯一一个德甲冠军，先于拜仁拿到了这个荣誉，重新巩固了慕尼黑老大的地位。尽管拜仁仍需努力，但贝肯鲍尔已是慕尼黑上空最闪亮的那颗星。完成德甲处子赛季后，年仅20岁的贝肯鲍尔就当选为德国足球先生。后来，他又在1968、1974和1976年4次当选。不过，真正令贝肯鲍尔成为德国足球历史第一人的并非这个独一无二的成就，而是德甲处子季尾声的一个战术调整。
由于主力中卫丹茨贝格停赛，查伊科夫斯基决定将手中的最佳球员贝肯鲍尔拉回来。随后两年内，查伊科夫斯基与贝肯鲍尔会一同渐渐地改造这个角色，直到一个新位置的诞生——自由人。贝肯鲍尔回忆道：“我和‘奇克’经常交谈。他给我重新诠释了足球，并在场上给了我自由人这个特殊的位置。此前也有自由人这个概念，但‘奇克’认为自由人不仅仅是防守球员，同时也是进攻球员。”贝肯鲍尔太优雅、太轻灵、太聪明了，只当后卫实在是暴殄天物。于是，查伊科夫斯基给予他压上进攻的无限自由。
自由人贝肯鲍尔和最佳搭档施瓦岑贝克。
当贝肯鲍尔杀向前场，另一名球员要为他补位，从而又产生了另一个新的战术角色，德国人称之为“前置盯人中卫”。他不仅需要人盯人防守对方中锋，还要为前插助攻的自由人补位。自由人体系的成败不仅仅取决于自由人的实力，还依赖于一名优秀的前置盯人中卫。因此贝肯鲍尔的巨大成功，离不开“皇帝的侍卫”施瓦岑贝克。
施瓦岑贝克说：“在我的一生中，我经常听到这样的话：‘瞧，皇帝的鞋童来了。’人们那会儿经常喊我‘粗人’，很多人拿这个来笑话我。老实说，我对此毫不介意，因为我关心的是另外的事情。例如身为职业球员，我和他一起度过了美好的时光，我们配合默契，互相给予，也互相索取。不要简单地下结论说，我只是受益于弗朗茨。”
在自由人诞生的过程中，“皇帝”的绰号也应运而生。1968年10月，贝肯鲍尔随国家队前往维也纳，参加对奥地利的世界杯预选赛。他回忆道：“在维也纳，我们应邀赴宴。宴会厅里摆着一尊弗朗茨·约瑟夫一世皇帝的半身塑像，一位摄影记者请我站到塑像旁，拍一张弗朗茨和弗朗茨·约瑟夫一世的照片（下图）。这张照片后来被刊登在众多报纸上。此后，大家就叫我‘皇帝’了。”
1969年6月，《图片报》将贝肯鲍尔形容为“国家皇帝”，跟盖德·穆勒的“国家轰炸机”呼应上了。几天后，拜仁与沙尔克04在德国杯决赛中相遇，“皇帝”遇上了“威斯特法伦国王”利布达。上半场的一次进攻中，利布达带球突破躲过了贝肯鲍尔的铲抢，后者立即拉住利布达的裤子实施战术犯规，现场的沙尔克球迷对此非常不满。自那之后，只要贝肯鲍尔一拿球，法兰克福森林球场就会爆发出震耳欲聋的嘘声。“皇帝”很快对此作出了回应，他接塞普·迈耶的手抛球之后，在后场右路旁若无人地连续左右脚颠球炫技，自然引来了更大嘘声，但他若无其事，在随后的比赛中一如既往地不断用右脚外脚背传球发动进攻。这就是贝肯鲍尔，这种与生俱来的霸气和傲慢使得“皇帝”这个绰号是如此之贴切。
德甲和欧冠三连霸
与沙尔克的这场德国杯决赛，拜仁最终以2比1获胜。那个赛季，拜仁首次赢得了德甲冠军，也首次成为了国内双冠王。“他促进了我们成熟的过程，为我们日后的发展奠定了基础。他把一伙闲散狂热的年轻人，调教成了一支自信而有涵养的队伍。”贝肯鲍尔所说的是时任主帅泽贝茨。
1968/69赛季，贝肯鲍尔和拜仁首次成为了德甲冠军。
在“孩子王”查伊科夫斯基手下，拜仁赢得了2座德国杯以及1967年的欧洲优胜者杯。而在泽贝茨手下，拜仁终于压倒1860而成为新的慕尼黑霸主。不过贝肯鲍尔和队友们很快就厌倦了泽贝茨过于严厉的管教以及他酗酒的恶习，拜仁不得不寻找一个能让球队更上一层楼的新教练，主席诺伊德克和经理施万把这个任务交给了队中最懂球的那个人——贝肯鲍尔。
利用国家队比赛的机会，贝肯鲍尔代表拜仁向国家队时任助教拉特克抛出了橄榄枝，“我在柏林一家饭店向乌多摸底：‘您想不想当我们的教练？’他答应了。拉特克后来为此付出了沉重的代价。德国足协不允许他同行参加1970年墨西哥世界杯。以后，每次挑选国家队主帅的时候，足协总是绕开他。但他在拜仁的到了补偿。”
在拉特克带领下，拜仁不仅实现了队史首次德甲3连冠（1972、73、74），还在1974年首次赢得欧洲冠军杯。在布鲁塞尔的决赛堪称经典，施瓦岑贝克在加时赛最后时刻远射绝平1比1。仅仅两天后的重赛，年富力强的拜仁4比0大胜老迈的马德里竞技。仅仅几周后，贝肯鲍尔、施瓦岑贝克、盖德·穆勒、塞普·迈耶、乌利·赫内斯、布赖特纳和卡佩尔曼等7名拜仁球员又成为了世界冠军。
1974年，拜仁首次成为了欧洲冠军。
然而，如日中天的拜仁却在1974/75赛季开始后表现得力不从心，在联赛中节节败退，仅以第14名进入冬歇期，拉特克跟球队以及主席诺伊德克的关系也彻底破裂。又一次，拜仁让贝肯鲍尔帮忙物色合适的继任者，这一次“皇帝”想到了国青队时的恩师克拉默。
克拉默尽管无法帮助财政问题愈发严重的拜仁重夺德甲江山，但还是成功率队实现了欧冠三连霸。1975年决赛2比0击败粗野的利兹联，1976年决赛又以1比0险胜圣艾蒂安——贝肯鲍尔在禁区前沿轻轻一拨，“公牛”罗特一记重炮任意球制胜。1976年圣诞节之前，拜仁还在客场0比0逼平克鲁塞罗，从而以两回合总比分2比0首次赢得了洲际杯。
多年后，贝肯鲍尔总结道：“我在拜仁效力时经历了4位教练：感情细腻的查伊科夫斯基，严厉的泽贝茨，善于调动人的拉特克和分析家克拉默。也许这些迥然不同的性格类型的中和造就了我。要想在合适的时候遇上合适的教练，这恐怕还要靠点儿运气。”
自掏腰包“跑路”
对于贝肯鲍尔和盖德·穆勒、迈耶、罗特、赫内斯等一同打拼多年的伙伴来说，他们在拜仁以及国家队中已经赢得了几乎所有可以赢的冠军，“我们这支荣耀的拜仁队开始分崩离析了。有些球员已经走了，但俱乐部看上去并不想通过投资来取代他们。”或许，并非俱乐部不想这样做，而是实在无能为力。随着拜仁在1977年3月被基辅迪纳摩淘汰出欧冠1/4决赛，主要财路断了。
除了认为拜仁在竞技上已经穷途末路，贝肯鲍尔自己也在场外遇到了大麻烦。1977年1月24日一早，3名税务调查员带着搜查令来到贝肯鲍尔家中。而在别墅被搜查一周之后，他与体育摄影记者戴安娜·桑德曼发生婚外情的丑闻曝光。此后，每当“皇帝”踏入球场，等待他的通常是漫天嘘声。于是，“自由人跑路”（《明镜》周刊语）了。他决定逃离德国的是是非非（税务倒是没能逃掉，后来他支付了180万马克达成庭外和解），离开拜仁，退出国家队，转投“球王”贝利所在的纽约宇宙队。
1977年5月21日主场对门兴格拉德巴赫，贝肯鲍尔最后一次代表拜仁出场。赛前，主席诺伊德克为他送上一束鲜花。
然而，“跑路”的过程也不顺利，缺钱的拜仁最后时刻还想从贝肯鲍尔身上捞一笔，“诺伊德克曾答应我，付100万马克就可以离开拜仁，但谈判时拜仁突然将转会费增加到250万。宇宙队的底线是140万，最后拜仁坚持要175万。万般无奈下，我自掏腰包补了差价。”
于是，为拜仁一线队参加了582场正式比赛（队史第5）。打进74球，并且拿到13个冠军之后，贝肯鲍尔背负着骂名和带着一肚子怨气，在1977年5月24日登上了飞往纽约的航班，“我常自问，俱乐部高层为什么这样对待我。诺伊德克向我解释了他的哲学，我却没有听懂。自此我发誓：一旦我有了一官半职，一定不能像他们那样。”
在纽约的生活，为贝肯鲍尔日后的执教和管理生涯奠定了坚实基础。
事实证明，贝肯鲍尔这笔35万的投资太值了。日后他说：“这是我做过的最佳决定之一。”在美国，贝肯鲍尔各方面都进一步成熟。他开阔了眼界，改变了生活态度，对于他日后重返德国，并最终回到拜仁大有裨益。用他自己的话来说：“慕尼黑已经是个不小的城市了，但跟纽约相比不过是个小村庄。”
三巨头时代
1991年10月，当海因克斯不得不交出拜仁帅印之后，拜仁经理乌利·赫内斯劝说贝肯鲍尔回来“救火”。但经历在德国国家队和马赛的执教后，贝肯鲍尔对于继续当教练已经失去了兴趣。他最终在11月回到了拜仁，但并不是以主教练的身份，而是与鲁梅尼格一道成为了新增的两个俱乐部副主席，“我决定出山是为了避免俱乐部主席舍勒和鲁梅尼格之间的权力斗争。因为在这样的争斗中，败方肯定是拜仁。”
1991年11月，贝肯鲍尔回归拜仁，与鲁梅尼格以及赫内斯组成“三巨头”，也成为了鲁梅尼格和俱乐部主席舍勒之间的润滑剂。
由于接替海因克斯的莱尔比根本无法胜任主帅职务，贝肯鲍尔不得不像十几年前那样，又一次为拜仁物色新教练。这一回，他找来了曾在国家队担任助教多年的里贝克。然而，里贝克未能像拉特克或克拉默那样，把冠军带回慕尼黑。在领跑到第32轮之后，拜仁最终将1992/93赛季的德甲冠军拱手让给了雷哈格尔的云达不来梅。
1993年11月到12月间，拜仁连续4场不胜，里贝克失去了更衣室的支持并最终下课，贝肯鲍尔就这样鬼使神差地被推上了主帅位置。他是自1953/54赛季的格奥格·拜尔勒以来，首位执教拜仁的慕尼黑当地人以及巴伐利亚人。最终，“皇帝”交足了功课，把“沙拉盘”带回拜仁，但他并不享受这份差事，“不知道有多少个周六晚上，我坐在电视机前，看着自己暴怒的样子，简直不敢相信，这就是我吗？”
1993/94赛季，贝肯鲍尔以主教练身份带领拜仁赢得德甲冠军。
夺冠庆功宴上，宾客集体为即将卸任主帅的贝肯鲍尔起立鼓掌。“皇帝”开玩笑说道：“当心，说不定我会回来的。”一语成谶。1995/96赛季尾声，与克林斯曼交恶的雷哈格尔被赶走，已在1994年11月当选为主席的贝肯鲍尔再次临时接掌帅印。带队的首场比赛，拜仁就在联盟杯决赛首回合主场2比0击败了波尔多。两周后，拜仁以3比1双杀对手，时隔20年后重新举起了欧战奖杯。
直到2001年，拜仁才终于重新成为了欧冠霸主，过程充满波折。尤其是在第二阶段小组赛客场0比3惨败给里昂后，已经没有太多人相信希斯菲尔德的球队还能走到最后。贝肯鲍尔再也坐不住了。赛后回到酒店，他在晚宴上怒气冲冲地指责球队踢的根本不是足球，而是“乌韦·席勒元老队的老人足球”。
巴西前锋埃尔伯回忆道：“贝肯鲍尔知道，是时候给球队来一拳，让我们重新清醒。听到贝肯鲍尔的发言之后，我们没有人吭声。回到房间后，我们打牌，喝酒，一直打到6点都没有睡。但打牌的时候，我们一直在聊比赛。我们都说，我们可以踢得更好，也必须踢得更好。下一场比赛我们就要向弗朗茨证明，我们是好球员，而且心理很强大。后来我们做到了，一路打进了决赛，并且赢得了冠军。”
2002年初，拜仁将职业足球部门分拆出来成立股份公司，鲁梅尼格出任董事会主席，而贝肯鲍尔则自动兼任监事会主席。拜仁进入了新时代。而安联竞技场这座可以容纳超过60000人的专业足球场于2005年落成并投入使用，更是令贝肯鲍尔的“美国梦”成真。2009年11月，贝肯鲍尔将俱乐部主席和公司监事会主席的位置交给了赫内斯，成为俱乐部荣誉主席，“三巨头时代”就此落下了帷幕。
2010年8月的贝肯鲍尔告别赛上，赫内斯和鲁梅尼格为贝肯鲍尔献上球衣和鲜花。
2010年8月13日，拜仁在第三届弗朗茨-贝肯鲍尔杯中约战皇马，并将这场比赛定义为贝肯鲍尔的拜仁告别赛，以补偿他1977年以球员身份离开拜仁时所没有获得的待遇。赛前，在场所有人将最热烈的掌声献给以球员、教练、副主席和主席身份为拜仁服役37年的贝肯鲍尔，但拜仁没有为他颁发特别奖项，鲁梅尼格解释说：“他已经获得了俱乐部所要给予的所有荣誉。”
