随着大卫罗宾逊的退役，马刺队也将吉诺比利收入囊中，值得一提的是，他最后也成为了马刺队的核心球员，更何况这个时候的球队还拥有帕克，他们的合力也让马刺队曾经的双塔，转变成了JDP时代，进入04到05赛季，这也是罗宾逊退役后，马刺队首次拿到总冠军将别，邓肯还是在赛场上无人能敌，帕克和吉诺比利的赛场统治力也越来越强，三人之间的化学反应也越来越默契。
这个赛季马刺队又一次登上了总决赛舞台，可是他们的对手却是志在夺冠的活塞队。这次的总决赛也让NBA的收视率创下纪录，上个赛季马刺队防守在联盟是榜首，而活塞却是第二，到了这个赛季马刺队的防守强度还是第一，活塞一样是前三，从这里不难看出，两个球队的防守强度都很高，而且在赛场上的对抗也异常激烈，随着马刺不断的突破和帕克灵活的脚步，马刺队还是迎来了第三冠。
同时也是石佛邓肯进入联盟以后的第三次总冠军，当然了，这三次FMVP自然也是邓肯的，在07年总决赛打完的时候，邓肯告诉詹姆斯，未来肯定是你的，但现在是我的，当时的小皇帝詹姆斯并不知道这是什么意思，等到10年过后，进入06到07赛季，马刺队的绝对核心不再是邓肯，马刺队的JP却锋芒毕露，他们不再需要邓肯的带领，也让马刺的体系变得更具威慑力。
毫无疑问，马刺队有一次是登上了总决赛，然而这个赛季的邓肯却和1.0版本的詹姆斯相遇，詹姆斯曾经在季后赛的发挥是非常出色的，帮助球队登上了总决赛舞台，马上就要捧起总冠军奖杯，可是年轻的骑士队还是无法战胜马刺队，最后马刺直接将湖人队横扫，比赛结束的时候，邓肯说了刚刚的话，07年夺冠后，邓肯的职业生涯也进入了分水岭，毕竟自己的年龄达到了30岁。
这就意味着他的身体素质在不断的下降，再也不能在赛场上灵活的跑跳。不过石佛却并不在意这些，甚至说石佛的伟大不止于此，这个赛季的FMVP落到了帕克的头上，这就是马刺队的传承，大卫罗宾逊将火炬送给了邓肯，尽管现在邓肯还有机会拿着火炬，不过年轻的帕克无疑更适合他，这才是邓肯的伟大，如今的马刺队，不需要邓肯去作为球队的大前锋，于是他就担任了中锋的位置。
可是这样的改变对于邓肯的统治力几乎没有影响，接连四个赛季平均每场轰进19分+10次篮板的表现。虽然这是个赛季也拿到过总冠军奖杯，可是到了09年，马刺队很多悍将都遇到了伤病困扰，所以季后赛直接让太阳队横扫，10年直接在常规赛成为了霸主，然而季后赛灰熊队直接完成黑8，接下来的是啊集中，马刺队一直都是季后赛的陪跑员，进入12到13赛季，邓肯也来到了37岁，可平均每场依旧能轰出18分+10次篮板，人们也表示，他到了退役的时刻。
